Ginzburg là một người vô thần công khai, cả dưới thời chính phủ Xô Viết vô thần và thời nước Nga hậu cộng sản, khi mà tôn giáo phục hồi mạnh mẽ. Ông đã bảo vệ chủ nghĩa vô thần trên báo chí và viết nhiều sách về vấn đề tôn giáo và chủ nghĩa vô thần.[7][8] Vì thế, một số nhóm Kitô hữu Chính thống giáo kịch liệt phản đối ông và nói rằng không một giải thưởng khoa học nào có thể cáo lỗi cho các sự công kích bằng lời của ông đối với Giáo hội Chính thống giáo Nga.[9]

Ông cũng là một trong những người ký tên vào "Thư ngỏ gửi tổng thống Vladimir V. Putin của các viện sĩ Viện Hàn lâm Khoa học Nga chống việc giáo quyền hóa" ở Nga.